Struktūra

Instituto struktūrą sudaro: administracija ir mokslo padaliniai.

Administracija

Instituto vadovas dr. (hb) Sigitas Podėnas

Mokslo padaliniai

Cheminės ekologijos ir elgsenos laboratorija (vadovas habil. dr. Vincas Būda)
        Vabzdžių evoliucinės ekologijos grupė (vadovas doc. dr. Eduardas Budrys)
Entomologijos laboratorija (vadovas dr. Povilas Ivinskis)
         Dirvožemio ekologijos sektorius (vadovė dr. Audronė Matusevičiūtė)
Genotoksikologijos laboratorija (vadovė habil. dr. Janina Baršienė)
Hidrobiontų ekologijos ir fiziologijos laboratorija (vadovas dr. Vytautas Kesminas)
     Gėlųjų vandenų ekologijos sektorius (vadovas dr. Tomas Virbickas)
     Ekologinės fiziologijos ir toksikologijos sektorius (vadovė dr. Nijolė Kazlauskienė)
Hidrobiontų evoliucinės ekologijos laboratorija (vadovas dr. Kęstutis Arbačiauskas)
Jūros ekologijos laboratorija (vadovas dr. Linas Ložys)
Molekulinės ekologijos laboratorija (vadovas dr. (hb.) Dalius Butkauskas)
Paukščių ekologijos laboratorija (vadovas dr. Mindaugas Dagys)
        Geoinformacinių sistemų grupė (vadovas dr. Mindaugas Dagys)
P.B. Šivickio parazitologijos laboratorija (vadovas habil. dr. Gediminas Valkiūnas)
Žinduolių ekologijos laboratorija (vadovas doc. dr. (hb.) Linas Balčiauskas)